Institutų integravimas į universitetus sutelks mokslinį potencialą, dėl to Lietuvos universitetų tarptautiniuose reitinguose laukia šuolis. Tokios nuomonės laikosi švietimo ir mokslo ministras Gintaras Steponavičius. Su tuo sutinka ir Vilniaus universiteto (VU) prorektorius Rimantas Juozas Lazutka. Tačiau, pasak jo, to galima sulaukti prie universitetų jungiant geriausius mokslo institutus, o ne tokius, su kuriais valdžia nežino ką daryti.

Švietimo ir mokslo ministerijos (ŠMM) teigimu, į universitetus nuo metų pradžios integruota 13 mokslo institutų. Termoizoliacijos institutas prijungtas prie Vilniaus Gedimino technikos universiteto, Gyvulininkystės institutas ir Veterinarijos institutas – prie Lietuvos veterinarijos akademijos. Architektūros ir statybos institutas, Fizikinės elektronikos institutas ir Maisto institutas tapo Kauno technologijos universiteto padaliniais, o Vandens ūkio institutas ir Žemės ūkio inžinerijos institutas įsiliejo į Lietuvos žemės ūkio universiteto struktūrą. Į Kauno medicinos universitetą integravosi Biomedicininių tyrimų institutas, Endokrinologijos institutas, Kardiologijos institutas bei Psichofiziologijos ir reabilitacijos institutas. Prie Vilniaus universiteto prijungtas Teorinės fizikos ir astronomijos institutas.